根據立法法第71條的規(guī)定，國務院部門規(guī)章的制定機關是國務院各部、委員會、中國人民銀行、審計署和具有行政管理職能的直屬機構。這類制定機關可以分為國務院組成部門和直屬機構兩大類。國務院部委和中國人民銀行、審計署是國務院組成部門。國務院直屬機構是主管國務院某項專門業(yè)務的部門，如國家工商行政管理總局、海關總署、國家稅務總局、國家新聞出版總署、國家宗教事務局等。直屬機構的數量和職能因各屆政府的機構設置和法律的規(guī)定而有所不同。

　　制定部門規(guī)章的主體，還因為單行法律的授權規(guī)定而出現。例如，1998年12月公布的證券法第179條規(guī)定，國務院證券監(jiān)督管理機構的職責之一，是依法制定有關證券市場監(jiān)督管理的規(guī)章。根據第九屆中央人民政府的管理職能配置和機構設置，行使國務院證券監(jiān)督管理職權的機構是國務院的直屬事業(yè)單位中國證券監(jiān)督管理委員會。因此，這里行使部門規(guī)章制定權的就是國務院的事業(yè)單位。

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